孙尔准予乾隆六十年(1795)秋乡试中举；嘉庆十年(1805)，登进士榜，初选为翰林院庶吉士，后授编修。十四年(1809)奉命协助编纂《全唐文》，后又编纂《永定县志》。十九年(1814)出为福建汀州知府。

汀州府属下的宁化县，有民众聚钱拜会，上司将要一律以叛逆谋反罪处治。按大清刑律规定，叛逆谋反是要满门抄斩并株连九族的。孙尔准闻讯后，感到事情严重。他想起早年他父亲在广西当幕僚时，也曾遇到过类似的案件。那是当地土司为争夺荫袭权而打的官司。验其凭据，所盖的都是明代印玺。总督即认为是私造符信，蓄意谋反，当以叛逆罪处治。他父亲竭力说服上司，土酋志在承袭，并无谋反的罪状，不可轻易坐以叛逆罪。终于使总督和巡抚都改变了决定，保全了近千人的生命财产。如今一起重大命案却在自已的任上发生了。他意识到，必须慎重处理。于是，他不怕冒犯督抚大人，立即亲自赴宁化重新调查，并将真实情况向上报告。他说，没有叛逆情节，只能以别的罪名处罚其为首者，更不应连累他人。朝廷采纳了这一意见。一起涉及数千人的案子就此得到了结。事后，他被提升为福建盐法道。后又历任江西按察使、福建布政使、广东布政使、安徽巡抚等职。

道光三年(1823)，调任福建巡抚。福建，地处东南沿海，岛屿星罗棋布，山径错杂，时有盗匪出没，骚扰劫掠，危害社会安宁。孙尔准到任后，不借以万金为缉捕费，重赏有功人员，因而接连捕获首犯。他根据所犯罪状情节，绳之以法。盗风为之衰息。

当时的福建省，辖境包括今台湾省的大部分地区。作为一省的最高长宫，孙尔准经常渡海，巡阅这座广袤千里的宝岛。他先后在鹿耳门（今彰化之西、浊水溪出海口附近）增设鹿仔港（今称鹿港），在嘉义、彰化之间的山溪入海口另辟五个港口，以利商船通航。

台湾东北部的噶玛兰山湾（今宜兰小平原），本是土著哈仔难族人聚居之处。三面环山，东临大海，自陆路进去，山峻路险，负载难行，故长期与外界阻隔，十分闭塞。虽在嘉庆元年，就有福建漳州人吴沙率领漳州、泉州等地一批人来此垦荒种植，但清廷一直未曾将它纳入行政区域之内。道光五年(1825)九月，孙尔准擢任闽浙总督后，即奏请将噶玛兰收入版籍，设官治理；并建议将原有可通小船的乌石港、札远港，加以疏浚改建，设为正口，因而促进了这一山湾地区的开化与发展。

道光六年(1826)，台湾中部的嘉义、彰化爆发农民起义，这是继乾隆五十一年(1786)林爽文起义之后的又一次反抗清朝统治的人民起义。孙尔准为维护清朝统治檄召福建水师提督许松年前往镇压。同时派副将邵永福等直趋艋甲(今台北市)，“阻其北窜”；派金门镇总兵陈化成率师进鹿仔港，“防其入海”。他本人则移驻厦门，遣副将佟枢等往彰化、淡水(今新竹)搜山围捕。起义军不走水路，更不出海，坚持在山间活动，与官军对抗。孙尔准闻讯后，立即决定由提督马济胜守厦门，自己渡海驻彰化， 亲自“督剿”。起义军领袖李通，在寡不敌众的情况下不幸被捕，遭到杀害，余部也因此溃散。接着，孙尔准又下令，各村各庄，“举首事，缉余匪，闽人捕闽人，粤人捕粤人，以免诬累台人”。

当时，俗称台湾土著为 “生番”。有些闽粤商人与“生番”贸易，遂娶“番女”为妇。—这类商人被称为“番割”“番割”也有组织，当农民起义爆发后，其首领黄斗乃等号召“生番”出山助斗。孙尔准派参将黄其汉等分路阻击。“番人”被迫回深山。清军士卒攀藤蹑葛而登，捕获黄斗乃等21人，其中6名主要骨干被杀，番人队伍也就逐渐溃散。

孙尔准毕竟不是没有政治头脑的“一介武夫”，嗜血成性，他在这次事变中采取了“剿”“抚”两手。他向朝廷奏报：对于这次事变的处理，有意把“叛逆”和“强盗”分开，对于淡水以北“分党报复” 也只以“械斗”论处。这样就使一大部份人或开脱或减刑，缩小了屠戮的范围。很多人得以保全。过后，孙尔准又详细考察了台湾全岛的治安管理情况，发现竹堑（今新竹附近）以北至艋甲矶，五百里开阔的地带仅有守备一员，巡防工作实难周全，故请调南路游击一员驻竹堑，并于大甲、钢锣湾、斗换坪等处皆添驻外围绿营兵力。又请改建淡水土城，并在“生番”出入总路的头道溪溪口亦建土城，以屯兵驻守，以巩固台湾的防务。

道光七年（1827），孙尔准回京述职。宣宗嘉其“治台湾匪乱，悉合机宜” 自京返闽途中，道经莆田。他亲自勘察那里的防海水利工程木兰陂。这项工程始建于北宋熙宁—年间，筑石堤 l100余丈，以御海潮，并灌溉民田40万亩。但因年久失修，多处倾塌。为使数万顷民田再成膏腴，他亲自主持修复了这项重要工程。

孙尔准，为官清正，注意民生疾苦，他在福建任职前后长达10年之久，有相当政绩。受闽人爱戴。他也很有学问，工诗词，又长于书法。

道光九年（1829），他因家仆收受贿赂， 自已一时失察而受到弹劾，被处降二级留用。道光十一年(1831)以病乞体。十二年（1832）二月乙未逝世。